Sono dette cripte i monumenti disseminati nel Salento. Esse scavate nella roccia o nel sottosolo. oltre ad avere funzioni cultuali, erano punti di riferimento durante le fiere e pellegrinaggi, ma anche luogo di incontro durante le numerose festività religiose. L'architettura della cripta si presenta con semplicità caratterizzata da un'unica navata con un'abside; fino a giungere a forme più complesse di tre navate con tre absidi, ma elemento fondamentale sono gli affreschi su strati di fango o sulla roccia anche di epoche diverse, a volte anche sovrapposti tanto da rendere difficile una datazione certa. In questi affreschi è possibile notare l'assenza di prospettiva, che nonostante la semplicità della tecnica è evidente la completa dedizione di questi monaci "artistici" allo spirito divino.

Nel territorio Salentino molte sono le località che annoverano cripte bizantine ed esattamente: la cripta di Santa Marina a Muro Leccese, cripta di Santa Apollonia nel borgo di San Dana nel Capo di Leuca, la Madonna del Gonfalone a Tricase, cripta di Santa Marina a Miggiano, la cripta Coelimanna a Supersano, cripta Santa Maria degli Angeli e i SS. Stefani a Poggiardo e a Vaste, la cripta della Favana a Veglie, cripta di Santa Marina e Cristina a Carpignano Salentino, e poi ancora Giurdignano, Casarano, Gallipoli, Ruffano, Ortelle, Otranto (con i resti del faro di civiltà di san Nicola di Casole), Sanarica, San Cassiano, Specchia, Squinzano, la chiesa rupestre del Crocefisso a Ugento, Giuliano.